À l’issue de cette unité d’enseignement, l’étudiant·e sera capable d’utiliser R et RStudio pour gérer et explorer des données en sciences de la vie. Il ou elle pourra identifier et manipuler les principaux types et structures de données, importer et vérifier un jeu de données, sélectionner, filtrer et transformer des données, identifier et gérer les valeurs manquantes ou aberrantes, réaliser des calculs descriptifs simples et produire des représentations graphiques adaptées aux données.
L’objectif du cours est de fournir une première autonomie dans l’utilisation de R pour la gestion, l’exploration et la visualisation de données biologiques. L’accent est mis sur la compréhension des données et de leur structure, sur l’écriture de commandes simples et reproductibles, et sur la résolution pratique de problèmes à partir de jeux de données.
Le cours introduit l’environnement R/RStudio et les bases du langage R : objets, classes de variables, vecteurs, matrices, listes et data frames, ainsi que les fonctions mathématiques et statistiques élémentaires. Il aborde ensuite la manipulation et le tri de données, les critères logiques, les valeurs manquantes et aberrantes, la définition du répertoire de travail et l’importation de fichiers. Une partie importante du cours est consacrée à la visualisation des données : histogrammes, graphiques en barres, boxplots, nuages de points et mise en forme des graphiques.
Introduction à R et RStudio
Classes de variables et types d’objets
Fonctions mathématiques et statistiques de base
Manipulation d’un jeu de données
Sélection, filtrage, tri et transformation des données
Valeurs aberrantes et valeurs manquantes
Importation de jeux de données et gestion du répertoire de travail
Construction de graphiques
Mise en forme et personnalisation des graphiques
Exercices intégratifs de gestion et visualisation de données
Les séances comprennent de nombreux exercices réalisés directement dans R. Ils portent notamment sur la création et la manipulation d’objets, l’importation et la vérification de jeux de données, la sélection et la transformation d’observations, les statistiques descriptives simples et la construction de graphiques. Des exercices intégratifs permettent de mobiliser plusieurs compétences sur des jeux de données biologiques ou environnementaux.
L’enseignement combine de courtes introductions théoriques avec des travaux pratiques sur ordinateur, durant lesquels les étudiant·es appliquent directement les notions abordées dans R. Les exercices sont progressifs et s’appuient sur différents jeux de données, avec une attention particulière portée à l’autonomie dans l’écriture, la compréhension et la correction du code.
La présence aux TP est obligatoire. Seules les absences dûment justifiées sont admises. Toute incompatibilité d’horaire doit être signalée au début de l’année académique et avant le mois d’octobre. En dehors de ces situations, une absence à un TP entraîne l’impossibilité de présenter l’examen.
L’évaluation comporte deux parties :
Travaux pratiques (80 %) : évaluation lors de l’examen en session.
Théorie (20 %) : évaluation continue basée sur la présence au cours. La note correspond à la proportion de séances auxquelles l’étudiant·e a été présent·e, multipliée par 20. Des listes de présence imprimées sont distribuées au début de chaque séance et doivent être signées. En cas d’absence dûment justifiée, la séance concernée n’est pas prise en compte dans le calcul.
En Q1, l’examen porte uniquement sur les TP. La note finale correspond à la moyenne pondérée de la partie TP (80 %) et de la partie théorie évaluée en continu (20 %).
Si la note globale obtenue en Q1 est inférieure à 10/20, l’étudiant·e peut, en Q2 ou Q3, représenter la ou les parties de son choix. L’examen comporte alors des questions de TP ainsi qu’une ou deux questions de théorie. Seul·es les étudiant·es qui représentent la partie théorie doivent répondre à la ou aux questions de théorie.
Une dispense d’une partie réussie n’est valable qu’entre les sessions d’une même année académique. Une note obtenue pour une partie du cours ne peut donc pas être reportée à l’année académique suivante.
La décision de « signer » le cours, c’est-à-dire de demander une note de 0/20 à l’examen, ne peut concerner que l’ensemble de l’unité d’enseignement. Cette demande doit obligatoirement être introduite via SIGALE. Les demandes envoyées par e-mail ne seront pas prises en compte.
Le syllabus du cours, les jeux de données nécessaires aux exercices ainsi que les autres supports sont mis à disposition des étudiant·es via les outils institutionnels. Le syllabus contient les explications, exemples de code et exercices utilisés durant les séances. R et RStudio sont utilisés comme logiciels de référence pour l’ensemble du cours.
| Formation | Programme d’études | Bloc | Crédits | Obligatoire |
|---|---|---|---|---|
| Bachelier en sciences géographiques, orientation générale | Standard | 2 | 2 | Oui |
| Bachelier en sciences géologiques | Standard | 2 | 2 | Oui |
| Bachelier en médecine vétérinaire | Nouveau | 2 | 2 | Non |