L'étudiant.e va acquérir une bonne connaissance des principales techniques de bases de biochimie mais aussi de biologie cellulaire et moléculaire.
Il devra pouvoir choisir une approche expérimentale pour répondre à une question biologique en recherche et la justifier en fonction des avantages et des limitations présentés par les différentes techniques analysées.
Il sera capable d'interpréter des résultats graphiques d'expériences utilisant les techniques vues au cours et de comprendre un protocole expérimental.
Il deviendra familier avec le vocabulaire et les approches expérimentales des analyses à haut débit et percevra leurs puissance et limitations.
L’étudiant.e sera capable de développer une méthodologie et une stratégie permettant d'exploiter et d'interpréter un data set protéomique.
Expliquer les principes des principales techniques de biochimie et de biologie cellulaire et moléculaire en montrant les avantages et les limitations.
Familiariser l'étudiant avec les techniques de base régulièrement utilisées dans la littérature scientifique des sciences de la vie.
Ce cours vise également à familiariser l'étudiant avec les techniques d'analyses à haut débit, telles que la métabolomique et la protéomique. Les principes, les atouts et les limitations de ces différentes approches seront présentés et illustrés par des exemples/applications.
Partie T. Arnould :
Méthodes de mesure et d'analyse utilisées dans les laboratoires qui font appel à la biochimie comme la recherche universitaire, médicale et pharmaceutique. On y expose l'aspect théorique de ces techniques. L'étudiant apprend les techniques de base :
chromatographies d'affinité,
centrifugations et fractionnements cellulaires,
dosage et purification d'enzymes et de DNA,
analyse d’expression de gènes (RT-qPCR, arrays, ….)
interactions moléculaires par immunoprécipitations (Co-IP, Chip, Tap-Tag, Pull-down assay), FRET, BRET, PLA, Proxisome Assay,
mobilité moléculaire (FRAP),
mesure de l'activité de facteurs de transcription (EMSA, gènes rapporteurs,...).
Partie P. Renard :
1) Introduction à la protéomique
2) Spectrométrie de masse pour l'analyse des protéines
3) Identification des protéines : du spectre à la banque de données
4) Stratégies et exemples d'analyses quantitatives
Partie M. Hennequart :
1) Introduction à la métabolomique et aux techniques associées.
2) Principe de base de chromatographie et spectrométrie de masse pour l’analyse de petites molécules.
3) Technique analytique de métabolomique (Targeted, untargeted, stable isotope labelling).
4) Applications scientifiques et future de la métabolomique.
2 séances de TD facultatives prévues pour discuter de la partie "techniques ciblées" sur base de "questions-réponses" et d'analyses de résultats de publications dans la littérature scientifique illustrant l'utilisation des techniques étudiées dans un contexte biologique.
Sources, références et supports éventuels
Dias des supports de cours + ressources communiquées dans le cours (articles, livres,...).
TPs :
1) Etude de la voie d’activation du facteur de transcription NF-kB dans des cellules HEK 293 stimulées par l’IL-1beta utilisant une approche de co-transfection de cellules avec des plasmides contenant des gènes rapporteurs.
2) Un data set protéomique est présenté et confié aux étudiants. Les stratégies d'analyse leur sont expliquées.
En binôme, les étudiants doivent analyser le data set et en extraire des informations biologiques pertinentes. L'évaluation repose sur la présentation de leurs résultats.
Ex-cathedra :
Partie Arnould. Le cours de techniques (12 h) est dispensé au Q1 à l'aide de la vidéo-projection et du tableau.
Des articles à lire sont proposés aux étudiants.
Les étudiants ont accès aux notes de cours sur WEB campus. Support didactique utilisés : tableau et projection Power Point + références à deux livres de techniques.
L’UE de 24 h se compose de : 12 h pour le prof. Thierry Arnould (Techniques de base de laboratoire), 8 h pour la Prof. Patsy Renard et l’Ingénieur Marc Dieu (Protéomique) et 4 h le Prof. Marc Hennequart (Métabolomique).
• les 2 TPs représentent un travail équivalent. Le mode d’évaluation des TPs, est une évaluation globale et comparative des approches ciblées et sans a priori d’une question biologique donnée.
SBIOB538 = 1 UE constituée de 4 AA :
• AA1 : cours théorique techniques ciblées (TA). Pondération 6 points
• AA2 : cours théorique protéomique. Pondération 4 points
• AA3 : cours théorique métabolomique. Pondération 3 points
• AA4 : Travaux pratiques : une cote unique. Pondération 7 points
Chaque AA peut être évaluée au Q2 et au Q3 (y compris les TPs).
Mode d’évaluation : examen oral pour chaque AA (avec également un rapport écrit pour la partie TP).
Mode de calcul : moyenne arithmétique pondérée mais note absorbante si une cote inférieure à 7,49.
En cas d’échec : dispense accordée pour toute AA >10/20
Supports de cours, livres de référence, articles scientifiques
| Formation | Programme d’études | Bloc | Crédits | Obligatoire |
|---|---|---|---|---|
| Unités d'enseignement supplémentaires au master 60 en sciences biologiques (250P) | Standard | 0 | 4 | |
| Bachelier en sciences biologiques | Standard | 0 | 4 | |
| Unités d'enseignement supplémentaires au master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire (251P) | Standard | 0 | 4 | |
| Unités d'enseignement supplémentaires au master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire (251P) | Standard | 1 | 4 | |
| Unités d'enseignement supplémentaires au master 60 en sciences biologiques (250P) | Standard | 1 | 4 | |
| Bachelier en sciences biologiques | Standard | 3 | 4 |