Soutenance publique de thèse de doctorat en informatique - Robin Ghyselinck
Abstract
L’apprentissage profond a révolutionné la vision par ordinateur ces dernières années et a été appliqué à de nombreux domaines. Cette thèse se concentre sur l’endoscopie médicale, où l’apprentissage profond peut aider les médecins dans de nombreuses tâches, comme la navigation dans les poumons lors d’une bronchoscopie, l’assistance à la détection des maladies pulmonaires, la détection de la maladie de Crohn à partir d’une endoscopie par capsule (PillCam), ou encore l’automatisation de la détection de polypes lors de procédures de colonoscopie.Cette thèse, intitulée From Pixels to Practice: Deep Learning for Endoscopy, étudie comment les réseaux de neurones modernes et les paradigmes d’apprentissage peuvent améliorer la compréhension visuelle en endoscopie, dans le but de contribuer à des systèmes d’aide au diagnostic (Computer-Aided Detection, CAD) intégrables dans les flux de travail cliniques.Ce travail suit une structure basée sur des articles et relie des avancées méthodologiques en modélisation géométrique et temporelle à des techniques permettant de gérer la rareté et le déséquilibre des données, ainsi qu’aux implications pratiques et cliniques de l’apprentissage profond pour la détection de tumeurs pulmonaires, tant du point de vue clinique que du point de vue des praticiens. La première partie du manuscrit fournit un socle commun à toutes les parties suivantes. Tout d’abord, nous présentons une introduction générale au domaine de l’apprentissage automatique au Chapitre 1, en expliquant des concepts tels que la classification, les fonctions de perte et les réseaux de neurones artificiels. Ensuite, le Chapitre 2 se concentre sur le domaine de l’apprentissage profond pour la vision par ordinateur, en détaillant les principales tâches de vision, le concept de réseaux de neurones convolutionnels, ResNet et U-Net. Enfin, le Chapitre 3 décrit l’imagerie médicale, avec un focus sur les scanners tomodensitométriques (CT) et l’imagerie optique. La deuxième partie de la thèse s’intéresse à l’apprentissage de représentations spatio-temporelles. Au Chapitre 4, nous utilisons des réseaux de neurones profonds combinant des caractéristiques spatiales et une récurrence temporelle pour aborder le problème de la détection de la carène bronchique, un repère anatomique qui aide les médecins à se repérer dans les poumons. En évaluant des modèles de classification (ResNet-50), de segmentation (nnU-Net) et récurrents (GRU) sur un jeu de données de bronchoscopie que nous avons créé, l’étude met en évidence les bénéfices de la combinaison d’informations issues des masques de segmentation et de caractéristiques temporelles. Le Chapitre 5 poursuit sur la tâche de segmentation en analysant dans quelle mesure des U-Net équivariants par rotation, basés sur des E(2)-CNN avec des groupes de symétrie C4, C8 et D4, peuvent améliorer les performances lorsque l’orientation des objets dans l’image est arbitraire. Ensemble, ces chapitres montrent comment la modélisation temporelle et géométrique capture des aspects complémentaires de la structure visuelle. Ils soulignent en outre que le déséquilibre et la rareté des données constituent un problème récurrent en apprentissage profond. La troisième partie étudie l’apprentissage en situation de rareté et de déséquilibre des données. Tout d’abord, le Chapitre 6 explore un pré-entraînement contrastif supervisé [1] sur de grands jeux de données endoscopiques de domaine proche (Hyper-Kvasir [2], LDPolyp [3]), transféré ensuite vers des données plus petites et spécifiques à une pathologie (Crohn-IPI [4]). Cette méthodologie donne de meilleures performances que le pré-entraînement sur ImageNet ou basé sur l’entropie croisée, ce qui met en avant la valeur de représentations contrastives spécifiques au domaine. Ensuite, le Chapitre 7 introduit leMask-Aware Cropping (MAC), une nouvelle technique d’augmentation de données qui atténue le déséquilibre au niveau des pixels en segmentation. Sur divers jeux de données présentant des régimes de déséquilibre variés (URDE [5], Kvasir-SEG [6], HAM10000 [7]), MAC améliore systématiquement les métriques Dice et IoU dans des conditions de déséquilibre extrême. Ensemble, ces méthodes forment un cadre centré sur les données pour un apprentissage efficace lorsque les annotations sont rares ou inégalement réparties. La quatrième partie de la thèse se concentre sur l’apprentissage profond au bloc opératoire. Le Chapitre 8 propose un premier modèle (ResNet-50) pour la détection visuelle du cancer du poumon en bronchoscopie, entraîné sur des données réelles, in-vivo. Le modèle dépasse les performances de médecins juniors, tout en restant inférieur à celles des experts. Ce résultat montre que les systèmes de CAD pour la détection du cancer du poumon sont prometteurs. Le Chapitre 9 prolonge ce travail en évaluant l’utilisabilité d’un système de CAD basé sur un modèle d’apprentissage profond. En combinant indices de probabilité, graphes temporels et superpositions de cartes de saillance, une évaluation multicentrique avec 10 médecins est menée. L’outil reçoit des retours favorables, avec une utilisabilité élevée (score SUS de 80,5 [8]) et une forte acceptation clinique. Au-delà de l’endoscopie, les résultats concernant l’équivariance par rotation et le déséquilibre au niveau des pixels se généralisent à d’autres domaines tels que la microscopie, la dermatologie et l’imagerie aérienne. Cela montre que les méthodes proposées sont applicables à l’apprentissage visuel sous variabilité structurée et sous contraintes de données limitées.Mots-clés : apprentissage automatique, vision par ordinateur, médecine, endoscopie, réseaux de neurones convolutionnels, segmentation, modèles récurrents, équivariance.
Jury
Prof. Dumas Bruno - Université de NamurProf. Frénay Benoit - Université de NamurProf. Schobbens P-Y. - Université de NamureProf. Beuls Katrien - Université de Namur,Dr. Mertens Benjamin - Lys MédicalProf. Oramas Mogrojevo José Antonio - Université d’AnversDr. Mancas Matei - Université de Mons
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School-IT
School-IT, porté par la Faculté d’Informatique de l’Université de Namur, propose une mallette numérique innovante pour initier les élèves du maternel, primaire et secondaire à l’informatique. Conçue pour simplifier la tâche des enseignants, elle rassemble des activités prêtes à l’emploi, courtes et indépendantes, accompagnées de ressources pédagogiques et multimédias pour les enseignants et leurs élèves. Avec School-IT, enseigner l’informatique devient simple, concret et accessible à tous.
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Alphabétisation numérique
L'ordinateur n'est pas si malin... et en prendre conscience est essentiel pour maîtriser cet outil. Cela passe par la compréhension de son fonctionnement, de ses capacités et de ses limites.
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Soutenance publique de thèse de doctorat - Arnaud BOUGAHAM
JuryProf. Benoit Frénay, Université de Namur (Promoteur)Prof. Isabelle Linden, Université de Namur (Co-Promoteur) ;Prof. Xavier Devroey, Université Namur (Président) ;Prof. Claire Lobet, Université de Namur ;Prof. Florentin Kucharczak, Université de Montpellier ;Mr. Achimi Hassaini, Thales Alenia SpaceMr. Olivier Dequenne, AISIN Europe.AbstractThis thesis proposes a robust, interpretable, and transferable deep-learning framework for anomaly detection in safety-critical domains such as industrial quality control and medical diagnostics. These two fields, though distinct, share major challenges: class imbalance with limited abnormal samples, and the need for trustworthy and real-time decisions under strict reliability constraints. The main objective is, thus, to build methods with minimal supervision (training with normal data only) while allowing a human-aligned interpretability.The approach combines artificial intelligence unsupervised generative modeling with supervised classification, focusing on patching techniques, local representation, and interpretable scoring. Four key contributions structure this work:(i) Generative Adversarial Network Anomaly Detection through IntermediatePatches (GanoDIP), a Generative Adversarial Network (GAN) architecture for high-resolution, industrial anomaly localization at the patch level.(ii) Vector Quantized Generative Adversarial Network Anomaly Detectionthrough Intermediate Patches (VQGanoDIP), an extension with vector-quantized latent representations and composite scoring for improved reconstruction and fidelity.(iii) Cycle Generative Adversarial Network-Anomaly Detection (CGAN-AD), a conditional image translation model that integrates both normal and abnormal data for enhanced domain transfer in industrial and medical settings.(iv) Trustworthy approximated partial AUC (tapAUC), a loss function that enforces the Zero False Negative constraint, for high recall in critical scenarios.These models are deployed in real-world use cases. The framework is integrated into an active production line to detect unexpected components (such as screws) in printed circuit boards, delivering interpretable decisions with minimal false alarms. In the medical domain, the approach is adapted to well perform in Positron Emission Tomography (PET) based coma receptivity analysis, and some techniques are incorporated for an ovarian cancer segmentation application. These results demonstrate not only technical efficiency but also organizational viability through human-in-the-loop deployment and real-time scalability.Together, these contributions establish a modular, constraint-aware, and explainable anomaly detection paradigm, advancing the field towards trustworthy and human-centered artificial intelligence in high-stakes environments.
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Vingt films pour comprendre le numérique : le pari ludique de deux experts de l’UNamur
Terminator pour parler d’IA ? Wall-E pour parler de la dépendance technologique ? The Truman Show pour évoquer les réseaux sociaux ? Dans un nouvel ouvrage, deux professeurs de l’UNamur, Anthony Simonofski (transformation numérique- Faculté EMCP – Institut NaDI) et Benoît Vanderose (Génie logiciel – Faculté d’informatique – Institut NaDI), proposent un voyage à la croisée du numérique et de l’imaginaire cinématographique.
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Hackathon CSLabs
Un Hackathon est un moment de courte durée où des équipes réfléchissent à une thématique particulière. Elles tentent d'y apporter des solutions en développant des projets innovants. À la fin de l'évènement, un jury détermine quels sont les projets qui ont retenu leur attention et qui ont donc gagné la compétition.
Une initiative du CSLabs
Le Computer Science Labs est une junior entreprise issue de la Faculté d’Informatique de l’Université de Namur. Pratiquement, ses actions s’articulent autour de la réalisation de projets, de la formation des membres sur des thématiques liées à l'informatique et de l'organisation d'événements.
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Défense de thèse publique en informatique - Manel Barkallah
Synopsis
The spreading of internet-based technologies since the mid-90s has led to a paradigm shift from monolithic centralized information systems to distributed information systems based upon the composition of software components, interacting with each other and of heterogeneous natures. The popularity of these systems is nowadays such that our everyday life is touched by them.Classically concurrent and distributed systems are coded by using the message passing paradigm-according to which components exchange information by sending and receiving messages. In the aim of clearly separating computational and interactional aspects of computations, Gelernter and Carriero have proposed an alternative framework in which components interact through the availability of information placed on a shared space. Their framework has been concretized in a language called Linda. A series of languages, referred to nowadays as coordination languages, have been developed afterwards. In addition to providing a more declarative framework, such languages nicely fit applications like Facebook, LinkedIn and Twitter, in which users share information by adding it or consulting it in a common place. Such systems are in fact particular cases of so-called socio-technical systems in which humans interact with machines and their environments through complex dependencies. As coordination languages nicely meet social networks, the question naturally arises whether they can also nicely code socio-technical systems. However, answering this question first requires to see how well programs written in coordination languages can reflect what they are assumed to model.This thesis aims at addressing these two questions. To that end, we shall use the Bach coordination language developed at the University of Namur as a representative of Linda-like languages. We shall extend it in a language named Multi-Bach to be able to code and reason on socio-technical systems. We will also introduce a workbench Anemone to support the modelling of such systems. Finally, we will evidence the interest of our approach through the coding of several social-technical systems.
The Jury
Prof. Wim Vanhoof - University of Namur, BelgiumProf. Jean-Marie Jacquet - University of Namur, BelgiumProf. Katrien Beuls - University of Namur, BelgiumProf. Pierre-Yves Schobbens - University of Namur, BelgiumProf. Laura Bocchi - University of Kent, United KingdomProf. Stefano Mariani - UNIMORE University, Italy
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Défense de thèse de doctorat - Sereysethy Touch
SynopsisA honeypot is a security tool deliberately designed to be vulnerable, thereby enticing attackers to probe, exploit, and compromise it. Since their introduction in the early 1990s, honeypots have remained among the most widely used tools for capturing cyberattacks, complementing traditional defenses such as firewalls and intrusion detection systems. They serve both as early warning systems and as sources of valuable attack data, enabling security professionals to study the techniques and behaviors of threat actors.While conventional honeypots have achieved significant success, they remain deterministic in their responses to attacks. This is where adaptive or intelligent honeypots come into play. An adaptive honeypot leverages Machine Learning techniques, such as Reinforcement Learning, to interact with attackers. These systems learn to take actions that can disrupt the normal execution flow of an attack, potentially forcing attackers to alter their techniques. As a result, attackers must find alternative routes or tools to achieve their objectives, ultimately leading to the collection of more attack data.Despite their advantages, traditional honeypots face two main challenges. First, emulation-based honeypots (also known as low- and medium-interaction honeypots) are increasingly susceptible to detection, which undermines their effectiveness in collecting meaningful attack data. Second, real-system-based honeypots (also known as high-interaction honeypots) pose security risks to the hosting organization if not properly isolated and protected. Since adaptive honeypots rely on the same underlying systems, they also inherit these challenges.This thesis investigates whether it is possible to design a honeypot system that mitigates these challenges while still fulfilling its primary objective of collecting attack data. To this end, it proposes a new abstract model for adaptive self-guarded honeypots, designed to balance attack data collection, detection evasion, and security preservation, ensuring that it does not pose a risk to the rest of the network.Membres du juryProf. Wim VANHOOF, Président, Université de NamurProf. Jean-Noël COLIN, Promoteur, Université de NamurProf. Florentin ROCHET, Membre interne, Université de NamurProf. Benoît FRENAY, Membre interne, Université de NamurProf. Ramin SADRE, Membre externe, Université catholique de Louvain Dr. Jérôme FRANCOIS, Membre externe, Université du LuxembourgVous êtes cordialement invités à un drink, qui suivra la soutenance publique. Pour une bonne organisation, merci de donner votre réponse pour le mardi 20 mai 2025.
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Défense de thèse de doctorat - Jérôme Fink
SynopsisLes méthodes deep learning sont devenues de plus en plus populaires pour construire des systèmes intelligents. Actuellement, de nombreuses architectures deep learning constituent l'état de l'art dans leurs domaines respectifs, tels que la reconnaissance d'images, la génération de texte, la reconnaissance vocale, etc. La disponibilité de bibliothèques et de frameworks matures pour développer de tels systèmes est également un facteur clé de ce succès.Ce travail explore l'utilisation de ces architectures pour construire des systèmes intelligents pour les langues des signes. La création grands corpus de données en langue des signes a rendu possible l'entraînement d'architectures deep learning à partir de zéro. Les contributions présentées dans ce travail couvrent tous les aspects du développement d'un système intelligent basé sur l'apprentissage profond. Une première contribution est la création d’une base de données pour la Langue des Signes de Belgique Francophone (LSFB). Celle-ci est dérivé d’un corpus existant et a été adapté aux besoins des méthodes deep learning. La possibilité de recourir à des méthodes de collecte participative (crowdsourcing) pour recueillir d'avantages de données est également explorée.La deuxième contribution est le développement ou l’adaptation d'architectures pour la reconnaissance automatique de la langue des signes. L'utilisation de méthodes contrastives pour apprendre de meilleures représentations est explorée, et la transférabilité de ces représentations à d'autres langues des signes est évaluée.Enfin, la dernière contribution est l’intégration des modèles dans des logiciels destinés au grand public. Cela a permis de mener une réflexion sur les défis lié à l'intégration d'un module intelligent dans le cycle de vie du développement logiciel.Membres du juryProf. Wim VANHOOF, Président, Université de NamurProf. Benoît FRENAY, Promoteur, Université de NamurProf. Anthony CLEVE, Co-promoteur, Université de NamurProf. Laurence MEURANT, Membre interne, Université de NamurProf. Lorenzo BARALDI, Membre externe, Université de ModèneProf. Annelies BRAFFORT, Membre externe, Université de Paris-SaclayProf. Joni DAMBRE, Membre externe, Université de Gand
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Défense de thèse de doctorat - Antoine Sion
SynopsisOver recent years, the development of agent-based models has allowed researchers to advance their understanding of naturally occurring collective behaviours. Swarm robotics, a field studying the design of decentralised robot swarms, has emerged following the replication of some collective behaviours in artificial groups of robots. The first part of this thesis provides novel techniques for the aggregation of heterogeneous swarms. First, we enhance an existing controller for an aggregation problem on two sites through the use of informed robots. We show that our simplified approach offers a wider range of operating conditions and a greater flexibility. Second, we provide a new method for the aggregation of robot swarms with adaptive random walks. We separately study cue-based aggregation with a swarm of robots only sensing private information and neighbour-based aggregation with a swarm of robots sensing social information. We show that a trade-off can be obtained with a heterogeneous swarm composed of the two robot types, forming a dense cluster near the minimum of an environmental cue. Private and social information also play a key role in the evolution of biological processes inside animal groups. Dispersal, the movement of an animal from site of birth to site of reproduction, is strongly affected by the acquisition and the use of information. Since experimental research is often difficult to conduct while accounting for multiple information sources and environmental variability, the use of agent-based models offer an opportunity to study the evolution of dispersal and its associated costs linked to private and social information in a controlled setting. The second part of this thesis provides an agent-based model of dispersal including the acquisition of information and its associated costs. Throughout three case studies, we observe the evolution of genes linked to the acquisition of information and the obtained dispersal strategies in different scenarios.
Jury members
Prof. Wim Vanhoof, Président, Université de Namur, BelgiqueProf. Elio Tuci, Secrétaire, Université de Namur, BelgiqueProf. Timoteo Carletti, Membre interne, Université de Namur, Belgique Prof. Eliseo Ferrante, Membre externe, Vrije Universiteit Amsterdam, Pays-BasProf. Mauro Birattari, Membre externe, ULB, Belgique Prof. Andreagiovanni Reina, Membre externe, Universität Konstanz, Allemagne
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Vers une informatique toujours plus humaine et responsable
Le programme de la soirée :
16h45 – 17h00 : Accueil à La Bourse - Place d'Armes 1 à Namur17h00 – 18h30 : Conférence sur le thème : « Vers une informatique toujours plus humaine et responsable »Mot d’accueil : Wim Vanhoof – Doyen de la faculté d’informatiqueManel BarkallahJules DejaeghereXavier DevroyeJérôme FinkRobin GhyselinckJérôme MaquoiAnthony SimonofskiBenoît Vanderose18h30 – 18h45 : Pause18h45 – 19h45 : Mot de la Rectrice et carte blanche du Professeur Naji HabraCet événement, qui allie réflexion et convivialité, sera une occasion unique d’échanger autour de l'impact de l'informatique sur la société, dans une ambiance propice à la discussion et à la célébration.
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Appels FNRS 2024 : Focus sur l’Institut naXys
Le professeur Elio Tuci vient d'obtenir un financement Crédit de Recherche du FNRS. L'institut naXys s'est spécialisé dans l'analyse des systèmes complexes, qu'il s'agisse d'astronomie et de cosmologie dynamique, de biologie mathématique, d'optimisation en optique, de complexité économique ou encore de l'étude de la stabilité et de la robustesse de ces systèmes. L’institut est structuré en 6 axes de recherche : Space, Bio, Optics, Eco, Robust et Robotics.
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