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Soutenance publique de thèse de doctorat en sciences mathématiques - Jean-François de KEMMETER

JuryProf. Alexandre MAUROY (UNamur), présidentProf. Timoteo CARLETTI (UNamur), promoteur et secrétaireProf. Malbor ASLLANI (Florida State University)Prof. Renaud LAMBIOTTE (Oxford Mathematical Institute)Prof. Filippo COLOMO (Università degli studi di Firenze)Prof. Christian WALMSLEY HAGENDORF (UCLouvain)RésuméFlocks of birds, people clapping in unison or the World Wide Web are some instances of complex systems in which a large number of entities interact with each other and produce some emergent phenomena. In this thesis, we pay special attention to two such complex systems, namely crowded random walks on networks, and domino tilings and vertex models. In recent years, networks and generalizations thereof have emerged as an efficient tool to model the pattern of interactions among a set of entities. Examples include social networks, transportation networks and ecological networks. A cornerstone of network science is the interplay between network structure and dynamics on networks. Among those dynamical processes, random walks play a central role. In the first part of this thesis, we study the dynamics of multiple random walkers moving across the nodes of the network, assuming the latter to be endowed with limited available space. We characterize, both analytically and numerically, the stationary states, and we subsequently apply the latter framework to a real ecological network. In the second part of the thesis, we move on to the study of the arctic curve phenomenon arising in domino tilings of double Aztec rectangles and configurations of the six-vertex model with partial domain wall boundary conditions. The latter two models manifest in the scaling limit a spatial phase separation between ordered regions and a central disordered region. We compute the arctic curve of the aforementioned models using the tangent method.
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La physicochimie du parchemin et des encres - approches expérimentales et historiques.

Ce colloque-atelier résidentiel se déroule du 2 au 6 septembre 2024 au Gîte du domaine d'Haugimont (propriété de l’Université de Namur) et traite des manuscrits médiévaux dans leurs aspects matériels et historiques (fabrication du parchemin et des encres). Cet évènement s’adresse à des historiens, des archéologues, et des chercheurs en sciences physiques et chimiques. La participation est gratuite pour les doctorants attachés aux écoles doctorales du FNRS dans les disciplines concernées. À la croisée de l’archéologie, de l’histoire et des sciences exactes, ce colloque-atelier donnera la parole à trois orateurs (un physicien, un chimiste et un historien) qui présenteront les recherches interdisciplinaires qu’ils mènent de concert dans ce domaine. Des ateliers de reproduction de parchemin, d’encres, et de matériel d’écriture seront organisés chaque jour.Plus d'informations sur l'évènement  
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Défense publique de thèse - Nadine HAMDAN

Consanguinity refers to the offspring produced from the union of two closely related individuals who share at least one common ancestor (Temaj et al. 2022). Some communities have high rates of consanguineous marriages, especially in the Middle East, where consanguinity rates of first-cousin marriages vary in Gulf countries from 20 to 50 % (Ben-Omran et al. 2020). This high rate of consanguineous marriages is due to cultural, geographical, historical, financial, political, or religious reasons (Temaj et al. 2022) (Ben-Omran et al. 2020).Consanguinity increases the chance/risk/probability to be homozygous for rare mutations in the general population (Temaj et al. 2022). These mutations can cause recessive autosomal pathologies that may be extremely rare known as rare diseases (Temaj et al. 2022). In many Middle Eastern populations, consanguineous relationships are very common, providing geneticists with a valuable source for discovering "new" genes and identifying their functions (Ben-Omran et al. 2020). Identifying these genes can help carry out diagnostic and predictive tests (genetic counseling) in affected families (Ben-Omran et al. 2020; Temaj et al. 2022). In some cases, understanding the pathophysiological mechanisms involved in diseases can also lead to new therapeutic strategies (Salzberg 2018).In recent years, the development of Next Generation Sequencing (NGS) technologies has led to a faster identification of genes involved in rare diseases (Lal et al. 2016). Sequencing the entire genome (Whole Genome Sequencing, WGS) or the exome (Whole Exome sequencing, WES) can be achieved quickly and inexpensively (Salzberg 2018).Rare diseases are Mendelian monogenic diseases, that result from specific pathogenic variants in single genes, called germline mutations. These mutations occurring in the coding or the non-coding regions in the gene, can be inherited in dominant, recessive, or X-linked transmission modes within a family (Tukker et al. 2021). Coding sequences, known as exons, directly encode the amino acid sequence of proteins essential for various cellular functions, including enzymatic reactions, cell signaling, and structural support. Pathogenic variants within coding sequences can lead to significant disruptions and alterations in the protein structure, function, and stability (Li et al. 2013).  However non-coding sequences that represents around 98% of the entire human genome, include introns, enhancers, promotors, and regulatory elements that regulate genes’ expression. The presence of a pathogenic variant in one of these regions can alter mRNA processing and gene expression and disrupt the delicate balance of gene regulation. REFERENCEWhile coding regions, constitutes around 1 to 2% of the entire genome, , the precise functions of non-coding regions are still unraveled (Moyon et al. 2022).Our project has two main objectives.A) Firstly, to identify the pathogenic variant responsible for a syndromic neurodevelopmental disorder (NDD) in a young boy from a consanguineous Lebanese family. This step was achieved in 2020 and our results were published in Clinical Genetics. Indeed, a homozygous stop gain mutation in the BOD1 gene (p.R151*) was identified and was shown to be involved in the disease observed in this family. BOD1 is a crucial protein that inhibits the PP2A-B56 phosphatase at the kinetochore, which regulates the recruitment of various proteins (such as PLK1: Polo like Kinase 1 ) to ensure proper chromosome orientation during mitosis (Porter et al. 2013). Additionally, BOD1 is a part of a cytosolic variant of the SET1B/COMPASS complex, which affects the expression of genes related to fatty acid metabolism (Wang et al. 2017). Studies in Drosophila have shown that BOD1 depletion in neurons causes synapse morphological abnormalities and learning defects (Esmaeeli-Nieh et al. 2016). Moreover, BOD1 was described to be responsible for ataxic-like behaviors in mice with conditional in what tissue? Knock-Out (KO) of exon 2 of this gene in the lobes IV-V of the cerebellum  (Liu et al. 2022). On another note, a homozygous nonsense mutation in BOD1 gene (p.R112*) was identified in two related Iranian females, who were diagnosed with moderate form of ID (Intellectual Disability) and primary/secondary amenorrhea (Esmaeeli-Nieh et al. 2016).B) Secondly, we aimed to study the effect of the p.R151* mutation in BOD1 gene on protein expression. To achieve this, we used the CRISPR-Cas9 genome editing technique to create a knock-in (KI) of the mutation in HEK293T cells. We then analyzed the effect of this mutation on the expression of Bod1 protein using Western blot technique. Furthermore, we wanted to investigate the physiological and developmental function of the BOD1 gene. For this purpose, we have generated a conditional knock-out cKO mouse model.
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Midi de l'ADRE - Accueil des nouveaux de l’UNamur/ Présentation de l’ADRE

Contenu de la séance d'information Après un bref survol des différents services administratifs qui pourront vous être utiles au cours de votre carrière de chercheur, de promoteur, cette séance d’information vous permettra surtout d’en apprendre plus sur l’administration de la recherche (ADRE) : quelles sont les principales missions du service, qui sommes-nous et quel support pouvons-nous vous apporter, en tant que chercheur, promoteur ?Chaque chercheur aura également l’occasion de se présenter et de présenter brièvement ses thématiques de recherche, afin que les membres de l’ADRE puissent cibler au mieux vos besoins. A qui s'adresse cette séance d'information ? Les académiques et scientifiques, engagés à l’UNamur depuis 2024.La séance d’information est également ouverte aux promoteurs qui souhaitent en savoir plus sur les services de l’ADRE. Présentation Christine Culot, Directrice de l'ADRE. Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 30/09/2024 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55.  Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Les grandes étapes du parcours doctoral…pour les doctorants

Contenu de la séance d'information Après cette séance d’information, les méandres du parcours doctoral n’auront plus de secret pour vous : de l’inscription, à la défense de thèse, en passant par l’admission au doctorat (rôle des CDO-commissions doctorales d’orientation), la formation d’un comité d’accompagnement, la formation doctorale, l’étape de confirmation, la constitution du jury de thèse, … toutes ces étapes vous seront détaillées par le responsable de la cellule Doctorat.  A qui s'adresse cette séance d'information ? Doctorants et mémorants Présentation William Riguelle, Chargé de mission CoARA et responsable de la cellule doctorat Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 14/10/2024 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Les grandes étapes du parcours doctoral… pour les académiques

Contenu de la séance d'information Présentation des grandes étapes du parcours doctoral et des outils qui peuvent aider les doctorants tout au long de leur thèse, afin d’améliorer leur encadrement au sein de l’institution.Ces étapes vous seront détaillées par le responsable de la cellule Doctorat.  A qui s'adresse cette séance d'information ? Les académiques et scientifiques qui encadrent des doctorants.  Présentation William Riguelle, Chargé de mission CoARA et responsable de la cellule doctorat Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 18/11/2024 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Créer, inventer, innover… et surtout protéger : un atelier sur la propriété intellectuelle

Contenu de la séance d'information Le droit de propriété intellectuelle offre un large éventail de protections des résultats de la recherche scientifique. Il est donc important de se poser les bonnes questions, à chaque étape de la recherche pour protéger du mieux possible les résultats.Cette formation permettra d’identifier les options de protection et les objets auxquels s’appliquent ces protections.Concrètement :Le droit d'auteurLes brevets (généralités)Les marquesLes bases de données A qui s'adresse cette séance d'information ? Tous les chercheurs. Présentation Zorana Rosic, Conseillère juridique recherche Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 09/12/2024 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Du labo au marché : la voie gagnante

Contenu de la séance d'information Cette séance abordera comment un résultat de recherche peut être valorisé à travers un projet d’entreprise grâce au programme Win4SO ; et comment le financement Proof of Concept (POC) permet de mettre au point une preuve de concept sur laquelle un projet entrepreneurial pourra se baser. A qui s'adresse cette séance d'information ? Tous les chercheurs. Présentation Laurent Galas, coordinateur du projet FEDER, MIRVALIS Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 13/01/2025 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - De l'Idée au Brevet : sécuriser vos découvertes en sciences de la vie

Contenu de la séance d'information Cette séance abordera comment un résultat de recherche peut être valorisé à travers un projet d’entreprise grâce au programme Win4SO ; et comment le financement Proof of Concept (POC) permet de mettre au point une preuve de concept sur laquelle un projet entrepreneurial pourra se baser. A qui s'adresse cette séance d'information ? Tous les chercheurs. Présentation Laurent Galas, coordinateur du projet FEDER, MIRVALIS Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 13/01/2025 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Propulser l’innovation en entreprise : bonnes pratiques du Tech Transfer

Contenu de la séance d'information Cette séance abordera comment un résultat de recherche peut être valorisé à travers un projet d’entreprise grâce au programme Win4SO ; et comment le financement Proof of Concept (POC) permet de mettre au point une preuve de concept sur laquelle un projet entrepreneurial pourra se baser. A qui s'adresse cette séance d'information ? Tous les chercheurs. Présentation Laurent Galas, coordinateur du projet FEDER, MIRVALIS Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 13/01/2025 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Communiquer avec la presse : l’essentiel à savoir

Contenu de la séance d'information Cette séance reprend les éléments essentiels à connaître pour communiquer au mieux avec la presse. Elle aborde les points suivants : Relation scientifique/média : Pourquoi vous avez besoin de la presse, pourquoi elle a besoin de vousLes outils pour atteindre la presseRéussir son passage médiatiqueL’UNamur dans les médias A qui s'adresse cette séance d'information ? Tous les chercheurs. Présentation Noëlle Joris, attachée de presse de l’Administration de la Communication de l’UNamur.  Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 14/04/2025 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Découvrir les Midis de l'ADRE
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Midi de l'ADRE - Éthique et Recherche universitaire : le RGPD en pratique

Contenu de la séance d'information Cette séance abordera comment un résultat de recherche peut être valorisé à travers un projet d’entreprise grâce au programme Win4SO ; et comment le financement Proof of Concept (POC) permet de mettre au point une preuve de concept sur laquelle un projet entrepreneurial pourra se baser. A qui s'adresse cette séance d'information ? Tous les chercheurs. Présentation Laurent Galas, coordinateur du projet FEDER, MIRVALIS Timing et lieu de la formation La séance d'information aura lieu le lundi 13/01/2025 de 12h45 à 14h à l'ADRE - salle NARC, rue de Bruxelles, 55. Les inscriptions sont clôturées ! Découvrir les Midis de l'ADRE
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