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JuryProf. Francesca CECCHET (UNamur), présidenteProf. Luc HENRARD (UNamur), promoteur et secrétaireProf. Gian-Marco RIGNANESE (UCLouvain), co-promoteur Prof. Vincent LIEGEOIS (UNamur)Prof. Xavier GONZE (UCLouvain) Prof. Humbert BERNARD (Université de Nantes)AbstractSensing technologies are critical across scientific, industrial, and medical domains, enabling the detection and analysis of various (bio)chemicals. Vibrational spectroscopies, such as Raman spectroscopy and infrared absorption spectroscopy, offer powerful and non-destructive means to characterize these molecular structures and their interactions. However, their application is often limited by inherently small cross-sections, curbing the analysis of low concentration. Surface-enhanced vibrational spectroscopies (SEVS), including surface-enhanced Raman scattering (SERS) and surface-enhanced infrared absorption (SEIRA), address these limitations by using electromagnetic field enhancements associated with localized surface plasmon resonances (LSPR) in nanostructured metal substrates. The resonant coupling between plasmons and molecular vibrations significantly enhances spectroscopic signals, facilitating trace molecule detection and real-time chemical reaction monitoring.Despite experimental success, the theoretical understanding of SEVS remains incomplete, presenting a challenge in simulating plasmonic responses and molecular vibrational modes within a unified framework. This thesis aims to bridge this gap using a combination of Discrete Dipole Approximation (DDA) and Self-Consistent Field Hartree-Fock (SCF-HF) methods, focusing on SEIRA to complement existing SERS studies.Our work begins with isolated gold particles analysed via DDA, benchmarked against Mie theory. We then explore coupled disk systems, revealing hot spots and polarization-dependent extinction cross-sections. The study of nanorods with infrared plasmonic resonances demonstrates that the observed SEIRA effect is driven by the strong coupling between plasmon excitations and molecular vibrations, rather than by the local field response of molecules. This insight shifts the focus towards designing plasmonic systems sensitive to environmental changes rather than merely enhancing the local field.RésuméLes technologies de détection sont cruciales dans les domaines scientifique, industriel et médical, permettant la détection et l'analyse de divers produits chimiques. Les spectroscopies vibrationnelles, telles que la spectroscopie Raman et l'absorption infrarouge, offrent des moyens puissants de caractériser les structures et les interactions moléculaires. Cependant, leur application est souvent limitée par des sections efficaces intrinsèquement petites, en particulier pour les molécules à faible concentration ou dans des environnements complexes. Les spectroscopies vibrationnelles exaltées en surface (SEVS), incluant la spectroscopie Raman exaltée en surface (SERS) et l'absorption infrarouge exaltée en surface (SEIRA), répondent à ces limitations en utilisant les renforcements du champ électromagnétique associés aux résonances plasmoniques de surface localisées (LSPR) dans les substrats métalliques nanostructurés. Le couplage résonant entre les plasmons et les vibrations moléculaires améliore considérablement les signaux spectroscopiques, facilitant la détection de molécules à l'état de trace et la surveillance en temps réel des réactions chimiques.Malgré leur nombreuse preuve expérimentale, la compréhension théorique des SEVS reste incomplète, posant un défi pour la simulation des réponses plasmoniques et des modes vibratoires moléculaires dans un cadre unifié. Cette thèse vise à combler cette lacune en utilisant une combinaison de l'Approximation des Dipôles Discrets (DDA) et de la méthode deHartree-Fock (SCF-HF), en se concentrant sur le SEIRA pour compléter les études existantes sur le SERS.Notre travail commence par l'analyse de particules d'or isolées via DDA, comparées à la théorie de Mie. Nous explorons ensuite des systèmes de disques couplés, révélant des hot spots et des sections efficaces d'extinction dépendant de la polarisation. L'étude de nanorods avec des résonances plasmoniques infrarouges démontre que l'effet SEIRA observé est dû à un fort couplage entre les excitations plasmoniques et les vibrations moléculaires, plutôt qu'à la réponse au champ local des molécules. Cette découverte suggère d’orienter la conception de systèmes plasmoniques vers une sensibilité aux changements environnementaux plutôt que vers le simple renforcement du champ local. 

JuryProf. Yoann OLIVIER (UNamur), PresidentProf. Luc HENRARD (UNamur), SecretaryProf. Ken HAENEN (UHasselt)Prof. Danny VANPOUCKE (UHasselt)Prof. Paulius POBEDINSKAS (UHasselt)Prof. Rozita ROUZBAHANI (UHasselt)Prof. Audrey VALENTIN (Université Sorbonne Paris-Nord)Prof. Anke KRÜGER (Universität Stuttgart)Dr Michael SLUYDTS (ePotentia)RésuméRadical attack and recombination are thought to play an important role in the atomic-scale mechanisms driving the growth of diamond. Unfortunately, accurate ab-initio calculations of the growth mechanisms are scarce. This work presents an analysis of growth-related reactions, including the ones involving hydrogen and methyl radicals, on (100), (111) and (113) H-passivated diamond surface. The reactions investigated here include the migrations of different species. The reactions between the intermediate growth steps of the nucleation (including some etching mechanisms) are characterised through their reaction rate coefficients.The (climbing) nudged elastic band method is used to identify the minimum energy path of the reactions, which reveals either a tight or a loose transition state depending on the presence or absence of an energy barrier.  Following the determination of the energy profile a given reaction, the vibrational spectra of its reactants, products and transition state is computed to derive its reaction rate coefficient by means of (variational) transition state theory calculations. These temperature- and pressure-dependent reaction rate coefficient have great potential: using multi-scale methods (e.g. kinetic Monte-Carlo), they provide insights into the best conditions to grow single crystal diamond. Temperature, pressure and radical densities in the reactor influence both the rate and quality of the growth, and the versatility of the results presented herein allows to account for these factors. The approach used in this work can be generalised to any crystallographic orientation of diamond, and even to other semiconductor surfaces.

JuryProf. Thierry ARNOULD (UNamur), présidentProf. Benoît MUYLKENS (UNamur), secrétaireProf. Sébastien PFEFFER (Université de Strasbourg)Prof. René REZSOHAZY (UCLouvain)Prof. Catherine SADZOT (ULiège)Prof. Dr Benedikt KAUFER (Freie Universität Berlin)Prof. Carine VAN LINT (ULB)Dr Damien COUPEAU (UNamur),RésuméLes ARN existent sous diverses formes dans la cellule : les ARN messagers (ARNm), les ARN de transfert (ARNt) et ribosomaux (ARNr) et les petits ARN régulateurs (ARNsn, miARN, snoARN). Les ARN circulaires (ARNcirc) jouent également un rôle clé en servant de matrice pour la traduction, en inhibant des ARN régulateurs par interaction de séquence, ou en recrutant des protéines pour moduler leur activité.L’herpèsvirus des gallinacés, plus connu sous le nom de virus de la maladie de Marek (MDV), provoque un lymphome agressif chez le poulet, entrainant sa mort dans un délai de quelques semaines. Ceci est dû aux nombreux facteurs de virulence qu’il produit. Notamment, MDV produit un facteur de transcription, Meq, qui induit la transformation des cellules dans lesquelles le gène est exprimé. Ce projet de thèse s’intéresse à un ARNcirc dérivé de ce gène.Cette étude a d'abord identifié de nombreux ARNcirc encodés par MDV, notamment lors de la lymphomagenèse, à partir de quatre principaux locus viraux : l'OriLyt, vTR, LAT et Meq. Le développement du programme vCircTrappist a montré que des virus apparentés encodent également des ARNcirc similaires, reliant la circularisation des transcrits viraux à un mécanisme inconnu.Focalisée sur circMeq, l'étude a révélé que cet ARNcirc atténue la virulence de MDV, en contraste avec le rôle précédemment attribué à Meq. Cette conclusion repose sur l'inhibition sélective de circMeq ou de linMeq via des mutations dans le génome viral.Cette thèse a révélé des propriétés insoupçonnées du gène Meq, ouvrant la voie à des recherches futures, notamment des expériences in vivo pour explorer le rôle de circMeq dans la transmission de MDV. 

JuryProf. Alexandre MAUROY (UNamur), présidentProf. Timoteo CARLETTI (UNamur), promoteur et secrétaireProf. Malbor ASLLANI (Florida State University)Prof. Renaud LAMBIOTTE (Oxford Mathematical Institute)Prof. Filippo COLOMO (Università degli studi di Firenze)Prof. Christian WALMSLEY HAGENDORF (UCLouvain)RésuméFlocks of birds, people clapping in unison or the World Wide Web are some instances of complex systems in which a large number of entities interact with each other and produce some emergent phenomena. In this thesis, we pay special attention to two such complex systems, namely crowded random walks on networks, and domino tilings and vertex models. In recent years, networks and generalizations thereof have emerged as an efficient tool to model the pattern of interactions among a set of entities. Examples include social networks, transportation networks and ecological networks. A cornerstone of network science is the interplay between network structure and dynamics on networks. Among those dynamical processes, random walks play a central role. In the first part of this thesis, we study the dynamics of multiple random walkers moving across the nodes of the network, assuming the latter to be endowed with limited available space. We characterize, both analytically and numerically, the stationary states, and we subsequently apply the latter framework to a real ecological network. In the second part of the thesis, we move on to the study of the arctic curve phenomenon arising in domino tilings of double Aztec rectangles and configurations of the six-vertex model with partial domain wall boundary conditions. The latter two models manifest in the scaling limit a spatial phase separation between ordered regions and a central disordered region. We compute the arctic curve of the aforementioned models using the tangent method.

Consanguinity refers to the offspring produced from the union of two closely related individuals who share at least one common ancestor (Temaj et al. 2022). Some communities have high rates of consanguineous marriages, especially in the Middle East, where consanguinity rates of first-cousin marriages vary in Gulf countries from 20 to 50 % (Ben-Omran et al. 2020). This high rate of consanguineous marriages is due to cultural, geographical, historical, financial, political, or religious reasons (Temaj et al. 2022) (Ben-Omran et al. 2020).Consanguinity increases the chance/risk/probability to be homozygous for rare mutations in the general population (Temaj et al. 2022). These mutations can cause recessive autosomal pathologies that may be extremely rare known as rare diseases (Temaj et al. 2022). In many Middle Eastern populations, consanguineous relationships are very common, providing geneticists with a valuable source for discovering "new" genes and identifying their functions (Ben-Omran et al. 2020). Identifying these genes can help carry out diagnostic and predictive tests (genetic counseling) in affected families (Ben-Omran et al. 2020; Temaj et al. 2022). In some cases, understanding the pathophysiological mechanisms involved in diseases can also lead to new therapeutic strategies (Salzberg 2018).In recent years, the development of Next Generation Sequencing (NGS) technologies has led to a faster identification of genes involved in rare diseases (Lal et al. 2016). Sequencing the entire genome (Whole Genome Sequencing, WGS) or the exome (Whole Exome sequencing, WES) can be achieved quickly and inexpensively (Salzberg 2018).Rare diseases are Mendelian monogenic diseases, that result from specific pathogenic variants in single genes, called germline mutations. These mutations occurring in the coding or the non-coding regions in the gene, can be inherited in dominant, recessive, or X-linked transmission modes within a family (Tukker et al. 2021). Coding sequences, known as exons, directly encode the amino acid sequence of proteins essential for various cellular functions, including enzymatic reactions, cell signaling, and structural support. Pathogenic variants within coding sequences can lead to significant disruptions and alterations in the protein structure, function, and stability (Li et al. 2013).  However non-coding sequences that represents around 98% of the entire human genome, include introns, enhancers, promotors, and regulatory elements that regulate genes’ expression. The presence of a pathogenic variant in one of these regions can alter mRNA processing and gene expression and disrupt the delicate balance of gene regulation. REFERENCEWhile coding regions, constitutes around 1 to 2% of the entire genome, , the precise functions of non-coding regions are still unraveled (Moyon et al. 2022).Our project has two main objectives.A) Firstly, to identify the pathogenic variant responsible for a syndromic neurodevelopmental disorder (NDD) in a young boy from a consanguineous Lebanese family. This step was achieved in 2020 and our results were published in Clinical Genetics. Indeed, a homozygous stop gain mutation in the BOD1 gene (p.R151*) was identified and was shown to be involved in the disease observed in this family. BOD1 is a crucial protein that inhibits the PP2A-B56 phosphatase at the kinetochore, which regulates the recruitment of various proteins (such as PLK1: Polo like Kinase 1 ) to ensure proper chromosome orientation during mitosis (Porter et al. 2013). Additionally, BOD1 is a part of a cytosolic variant of the SET1B/COMPASS complex, which affects the expression of genes related to fatty acid metabolism (Wang et al. 2017). Studies in Drosophila have shown that BOD1 depletion in neurons causes synapse morphological abnormalities and learning defects (Esmaeeli-Nieh et al. 2016). Moreover, BOD1 was described to be responsible for ataxic-like behaviors in mice with conditional in what tissue? Knock-Out (KO) of exon 2 of this gene in the lobes IV-V of the cerebellum  (Liu et al. 2022). On another note, a homozygous nonsense mutation in BOD1 gene (p.R112*) was identified in two related Iranian females, who were diagnosed with moderate form of ID (Intellectual Disability) and primary/secondary amenorrhea (Esmaeeli-Nieh et al. 2016).B) Secondly, we aimed to study the effect of the p.R151* mutation in BOD1 gene on protein expression. To achieve this, we used the CRISPR-Cas9 genome editing technique to create a knock-in (KI) of the mutation in HEK293T cells. We then analyzed the effect of this mutation on the expression of Bod1 protein using Western blot technique. Furthermore, we wanted to investigate the physiological and developmental function of the BOD1 gene. For this purpose, we have generated a conditional knock-out cKO mouse model.

Cet événement est ouvert à tous, jeunes et seniors, partenaires académiques et industriels, avec une priorité aux doctorants pour les conférences. Nous souhaitons encourager les directeurs de thèse à faire de cet événement un succès en invitant tous leurs étudiants à y participer. La langue de la réunion sera l'anglais.   Trois orateurs principaux sont prévus :Vincent Rodriguez (Université de Bordeaux, France) | Utilisation de la lumière polarisée linéairement pour sonder l'activité chiroptique non linéaire des molécules et des foldamères d'oligoamides aromatiquesProf. Tatjana N. Parac-Vogt (KU Leuven) | Enzymes artificielles basées sur des grappes d'oxydes métalliques : des espèces discrètes aux matériaux étendusChristophe Copéret (ETH Zürich, Suisse) | Contenu préliminaire « Moitié catalyse et moitié RMN ». Différents créneaux pour 10 short talks (15 mins de présentation + 5 mins de Q/A) ainsi que 10 flashs posters (2 mins) seront disponibles pour les doctorants. Les doctorants et les chercheurs post-doctorants auront également la possibilité de présenter leurs travaux lors de sessions de posters. Les meilleures présentations orales et affichées seront récompensées.La participation est gratuite mais l'inscription est obligatoire via ce formulaire... 

En pratique À qui s’adressent les cours ouverts ?Les cours ouverts sont accessibles à tous, même s’ils se destinent essentiellement aux élèves de l’enseignement secondaire pour les aider à franchir cette première étape d’exploration de l’enseignement supérieur.Quel est l’horaire des cours ouverts ?Les cours sont ouverts du 27 février au mercredi 5 mars 2025, de 08h30 à 16h30.Pour connaitre l’horaire précis et la localisation des locaux de chaque cours, vous êtes invités à vous présenter au service Info études (Rue de Bruxelles, 85 5000 Namur), 15 minutes avant le début du cours.Le programme provisoire est disponible 15 jours avant le début des cours ouverts.Comment rencontrer un conseiller en orientation ?Vous avez la possibilité de rencontrer un conseiller en orientation lors de l’atelier d’orientation prévu le mardi 4 mars 2025, de 13h30 à 16h00.Cet atelier a pour objectif de vous aider à réfléchir au processus d’orientation, mieux appréhender le paysage de l’enseignement supérieur et définir les balises principales dans le processus de clarification de votre projet (de formation et professionnel).Notre conseiller est également disponible sur rendez-vous pour une rencontre individuelle durant toute la semaine des cours ouverts et en-dehors de celle-ci.Faut-il s’inscrire pour participer ?L’accès aux cours ouverts se fait sans inscription préalable.Pour participer à l’atelier d’orientation, une inscription en ligne est toutefois obligatoire et sera disponible une dizaine de jours avant le début des cours ouverts.Qui organise les cours ouverts ?Les cours ouverts sont organisés par Info études, le service qui informe sur toute question liée au choix d’études, prérequis, réorientations, passerelles, programmes des cours, débouchés, formations complémentaires, valorisation des acquis de l’expérience… ou pour toute question générale sur la vie universitaire à Namur. En savoir plus sur les cours ouverts

Save the date ! Les prochaines portes ouvertes de l’UNamur auront lieu le samedi 29 mars 2025, de 13h à 17h.Réservez déjà cette date dans votre agenda !Au programmeRencontres inspirantes : échangez avec nos professeurs, assistants et étudiants.Visites immersives : explorez nos auditoires, salles de cours et laboratoires.Informations précieuses : obtenez des réponses à toutes vos questions sur nos programmes et les spécificités des études à Namur.Ressources pratiques : découvrez tous les services disponibles pour vous accompagner avant, pendant et après vos études.Restez à l'écoute ! Le programme détaillé de l’après-midi sera disponible une dizaine de jours avant l’évènement.Vous ne pouvez pas nous rejoindre ? Pas de souci ! Une seconde après-midi portes ouvertes est prévue le samedi 28 juin 2025, de 13h à 17h. En savoir plus sur les portes ouvertes

Save the date ! Le samedi 28 juin 2025, de 13h à 17h, l’UNamur vous ouvre une nouvelle fois ses portes avant les vacances d’été.Au programmeLes professeurs, assistants, étudiants et membres du staff se réjouissent de vous accueillir pour répondre à toutes vos questions sur vos futures études ;partager avec vous leur expérience de la vie universitaire et ses nombreuses opportunités d’épanouissement ;vous guider dans vos dernières démarches pratiques : inscription, cours préparatoires, recherche de logement, aides financières et plus encore.Informations à venirLe programme détaillé de l’après-midi sera disponible une dizaine de jours avant l’évènement. En savoir plus sur les portes ouvertes

Au programme 16h00 | Accueil des participants dans le hall de la Faculté de médecine16h30 | Séance anniversaire et inaugurale17h30 | Drink et visite (en groupe) des laboratoiresParticipation externe sur invitation. Une question ?  Contacter Jean-François Colomer : jean-francois.colomer@unamur.be 

The conference is co-organized by the University of Namur, Belgium and Wuhan University of Technology, China and supported by Foshan Xianhu Laboratory and other organisms.More info on the GCMC2025 website...

Quand : Mercredi 12 mars 2025 de 9h à 12hCombien : GratuitLangue : FrançaisPublic : 5-6ème secondaireLieu de RDV : Confluent des Savoirs · UNamur – Rue Godefroid 5, 5000 Namur.Au programme, des mini-conférences et des ateliers :8h30-9h00 : Accueil des groupes9h00-9h40 : Alexandre Mauroy (UNamur) · Un monde sans maths : c’est le PI-ed ou ça fait PI-tié ?A ton avis, comment serait un monde sans les maths ? Ce serait sans doute un peu moins amusant si tu fais des maths comme on joue au sudoku. Ou ce serait beaucoup plus fun si, au contraire, tu ne les aimes pas trop… Mais en fait, est-ce que les maths se résument à un jeu intellectuel pour certains et une torture de l’esprit pour tous les autres ? Sont-elles vraiment utiles dans la vie réelle ? Nous tenterons de répondre à ces questions et découvrirons ensemble comment les maths se retrouvent dans notre quotidien. Alors, un monde sans maths, c’est le pied ou ça fait pitié ? A toi de décider !9h40-10h20 : Timoteo Carletti (UNamur) · 𝜋, Connectivité et Réseaux : Un Cercle Sans FinOn parle de réseaux sociaux, comme Facebook ou TikTok, mais aussi de réseaux de transports, par exemple train, avion, voitures, … Pourquoi utiliser le même mot ? A ton avis, qu’est-ce qu’ils ont en commun ces “réseaux” ? Ensemble nous allons découvrir l’objet mathématique réseau, ses propriétés et son utilisation bien au-delà des cas ci-cités. On verra qu’on peut utiliser un réseau pour analyser une BD ou un roman, ou encore proposer une nouvelle façon d’écrire la musique.10h20–10h40 : Pause10h40-11h40 : Trois ateliers en parallèle - chacun de 20 minutes.1) Des maths pour dessinerEst-il possible de reproduire n’importe quelle image en un trait continu, sans lever le stylo ? Dans cet atelier, nous utiliserons les maths pour y parvenir avec l’aide d’une imprimante 2-axes.2) Des maths pour contrôler des robotsNous allons découvrir ensemble comment agir, grâce aux mathématiques, sur des systèmes complexes tels que des robots (roulants ou volants) afin qu’automatiquement, ils réalisent une tâche donnée.3) Des maths pour étudier des robots sociauxNous allons montrer comment les maths permettent d’étudier le comportement d’un groupe de robots sociaux qui peuvent communiquer entre eux et réaliser une tâche fixée. Cette activité est organisée avec le soutien de la Wallonie Recherche Découvrez la programmation en Wallonie et à Bruxelles