À l’issue de cet enseignement, l’étudiant devrait être capable de :
- Expliquer les principes généraux de la bioinformatique et situer ses principales applications dans les sciences biomédicales et de la santé ;
- Reconnaître les principaux types de données biologiques et de santé, ainsi que leurs sources et leurs niveaux d’organisation ;
- Décrire les grandes étapes du cycle de vie des données de santé, depuis leur production jusqu’à leur analyse, leur partage et leur réutilisation ;
- Comprendre, à un niveau introductif, la manière dont la programmation et des méthodes d’analyse permettent d’explorer les données biomédicales et de santé ;
- Reconnaître les applications de l’analyse de données en recherche biomédicale ;
- Situer les principaux métiers et les possibilités d’orientation professionnelle liés aux données biomédicales et de santé.
Ces acquis d’apprentissage sont susceptibles d’être ajustés en fonction du calendrier, des ressources disponibles, du nombre d’étudiants inscrits et des besoins pédagogiques identifiés. Au besoin, ils seront précisés au début du cours et sur la plateforme Webcampus.
Cet enseignement vise à familiariser les étudiants de bachelier avec les notions fondamentales de la bioinformatique et de l’analyse des données dans le domaine biomédical.
Il devrait leur permettre de comprendre comment les données biologiques et de santé sont produites, organisées, gérées et utilisées pour soutenir la recherche, les soins, la pratique clinique et la santé publique.
L’objectif est de fournir une introduction à la bioinformatioque qui permettra aux étudiants de mieux comprendre les approches de management et d’analyse fondées sur les données de santé numérique, ainsi que les professions émergentes du domaine.
Le cours devrait aborder, à un niveau introductif, les thématiques suivantes :
- Introduction à la bioinformatique : évolution, champ actuel et rôle des données numériques dans la recherche biomédicale ;
- Principaux types et sources de données numériques : -omiques, cliniques, d’imagerie, épidémiologiques, médico-administratives, dossiers de santé, registres et biobanques ;
- Notions générales de management des données biomédicales et de leur analyse en bioinformatique ;
- Exemples d’applications biomédicales, cliniques et populationnelles qui pourraient couvrir, par exemple, la découverte de biomarqueurs ou de médicaments, la prédiction du risque d’une malade ou de la réponse à un traitement ;
- Présentation de métiers liés aux données de santé.
Le contenu est indicatif et pourra évoluer en fonction du calendrier, des ressources disponibles, des interventions extérieures et des besoins pédagogiques identifiés. Les éventuelles adaptations seront précisées au début du cours et sur la plateforme Webcampus.
1. Introduction à la bioinformatique
2. Types, niveaux et sources de données biomédicales et de santé
3. Introduction au management des données biomédicales et de santé
4. Introduction à l’analyse des données biomédicales et de santé
5. Applications en recherche biomédicale, en clinique et en santé publique
6. Perspectives pratiques et professionnelles liées à la bioinformatique
Cette table des matières est indicative et pourra évoluer en fonction du calendrier, des ressources disponibles, des interventions extérieures et des besoins pédagogiques identifiés. Au besoin, elle sera précisée au début du cours et sur la plateforme Webcampus.
Introduction à la statistique médicale [MMEDB283]
L’enseignement reposera sur des séances théoriques illustrées par des exemples concrets issus de la recherche biomédicale, de la clinique et de la santé publique. Les attentes et l’organisation pratique seront précisées au début du cours.
Selon les possibilités, les activités d’enseignement pourraient notamment comprendre :
- Des cours magistraux théoriques destinés à introduire les notions essentielles ;
- Des démonstrations, par l’enseignant, d’exploration, de management et d’analyse de données biomédicales, sans exiger une maîtrise préalable de la programmation bioinformatique ;
- Des études de cas illustrant des applications biomédicales, cliniques ou de santé publique.
Ces modalités pourront être ajustées en fonction du calendrier, des ressources disponibles, du nombre d’étudiants inscrits et de la disponibilité des intervenants. Au besoin, elles seront précisées au début du cours et sur la plateforme Webcampus.
Les acquis d’apprentissage devraient être évalués au moyen d’un examen écrit portant sur la matière enseignée et signalée comme matière d’examen lors du cours.
L’examen écrit pourra comprendre des questions à choix multiple et/ou des questions ouvertes à réponse courte. Il viserait principalement à évaluer la compréhension des notions fondamentales de la bioinformatique et la capacité à relier les différents types et usages des données numériques biomédicales.
Les modalités d’évaluation demeurent susceptibles d’adaptation dans le respect des règles institutionnelles. Au besoin, elles seront précisées au début du cours et sur la plateforme Webcampus.
Ouvrage de référence
- Lesk A. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press
Supports pédagogiques
- Diapositives du cours mises à disposition sur Webcampus ;
- Potentiels documents introductifs, ressources en ligne ou articles sélectionnés par l’enseignant mis à disposition sur Webcampus ;
- Potentiels jeux de données de santé, visualisations, démonstrations et études de cas présentés pendant le cours et mis à disposition sur Webcampus.