La chimie est par excellence la science de la transformation de la matière et se situe de ce fait à la croisée des sciences physiques et mathématiques d'une part, et des sciences de la vie, des sciences de la terre et des sciences des matériaux d'autre part. Des laboratoires de pointe, dirigés par des chercheurs de renommée mondiale, sont dédiés à une vaste gamme de domaines, de la chimie organique à la chimie des matériaux, en passant par la chimie analytique et la chimie théorique.
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Soutenance publique de thèse de doctorat en sciences chimiques - Gilles Henon
MtSerB2 a structural testbed for PPI-directed discovery: structure-based virtual screening against the ACT domain interface of an essential Mycobacterium tuberculosis phosphoserine phosphatase
Jury
- Prof. Steve LANNERS (UNamur), Président
- Prof. Johan WOUTERS (UNamur), Secrétaire
- Prof. Pierre FRANCOTTE (ULiège)
- Dr Marie HAUFROID (UCB)
- Prof. Lionel POCHET (UNamur)
Résumé
Actuellement, Mycobacterium tuberculosis demeure le deuxième agent infectieux le plus meurtrier au monde, responsable de 1,6 million de décès en 2021. La lourdeur et le coût du traitement actuel (6 mois et 4 000 euros), couplés à l'émergence alarmante de souches antibiorésistantes, soulignent l'urgence absolue de développer de nouvelles molécules thérapeutiques. Ce travail se concentre sur la phosphosérine phosphatase de Mycobacterium tuberculosis (MtSerB2), une enzyme essentielle à la biosynthèse de la sérine et vitale à la survie du pathogène. De surcroît, cette protéine joue un rôle déterminant dans l'invasion de l'hôte (via ses interactions avec le facteur NF-κB et le cytosquelette cellulaire), ce qui érige MtSerB2 en cible thérapeutique de premier plan pour le développement de nouveaux antituberculeux puissants.
L'une des stratégies novatrices explorées dans cette thèse repose sur la déstabilisation de l'architecture protéique (disruption de l'architecture protéique). L'objectif est de concevoir une molécule capable de perturber la conformation de l'enzyme, entraînant ainsi la perte de son activité catalytique. Il est attendu que cette nouvelle classe de molécules présente une sélectivité nettement supérieure pour MtSerB2 par rapport à son homologue humain, la human phosphosérine phosphatase (hPSP).
À cette fin, la phosphosérine phosphatase de Mycobacterium avium (MaSerB) a d'abord été exploitée comme système modèle, justifié par une identité de séquence de 83 % avec MtSerB2 et par sa propension à cristalliser rapidement. Dans un premier temps, un criblage virtuel ciblant des médicaments déjà disponibles sur le marché a été mené afin d’identifier des inhibiteurs potentiels de MaSerB. Des essais enzymatiques basés sur la détection au vert de malachite
ont ensuite été réalisés pour évaluer le pouvoir inhibiteur des différents candidats. Les résultats ont mis en évidence une sélectivité accrue de ces composés pour les protéines dimériques (MtSerB2 et MaSerB) par rapport à l'enzyme humaine hPSP.
Fait remarquable, les tests enzymatiques ultérieurs menés directement sur MtSerB2 ont révélé des profils de réponse divergents par rapport à ceux observés avec le modèle MaSerB. Afin d'élucider les bases moléculaires de ces différences, la structure de la protéine à l'état lié (ligand bound state) est actuellement en cours d'investigation. Dans cette optique, des complexes protéine-inhibiteur ont été cristallisés et seront analysés par diffraction des rayons X.
Soutenance publique de thèse de doctorat en sciences chimiques - Martina Saitta
Investigating the relationship between the acidity of heterogeneous catalysts and their activity in ethyl levulinate and glycerol conversions.
Résumé
The development of efficient heterogeneous acid catalysts is essential for the sustainable valorization of biomass-derived platform molecules. This PhD thesis focuses on the design, synthesis, characterization, and catalytic evaluation of novel acidic materials for two representative biomass upgrading reactions: the ketalization of glycerol into solketal and the conversion of ethyl levulinate into γ-valerolactone. Several classes of catalysts were investigated, including Group IV metal-doped mesoporous silica nanotubes and hollow nanospheres, sulfonic acid-functionalized silica materials, and porous metal phosphonates. The aim was to establish relationships between the properties of the catalysts, in particular their acidity, and catalytic performance.
The results demonstrated that the nature of the metal cation in metal-doped nanostructured silica strongly influences catalyst acidity and reactivity. Furthermore, synthesis parameters such as the loading of the metal cation and preparation method were shown to control the Lewis/Brønsted ratio and strength of Lewis acid sites, allowing the tuning of catalytic performance. Materials rich in Lewis acidity preferentially promoted the conversion of ethyl levulinate, while catalysts with a higher Brønsted acidity were more effective in glycerol ketalization.
The introduction of sulfonic acid groups significantly enhanced Brønsted acidity and led to extremely active catalysts for solketal production. In parallel, studies on layered phosphonates highlighted the crucial role of the phosphoric spacer for ensuring material stability and enabling their reuse over multiple catalytic cycles. For amorphous porous metal phosphonates, key synthetic parameters, including acid concentration, solvent choice, and the use of templating agent, were found to significantly influence the acidity of the materials and, consequently, their catalytic activity.
Overall, this work provides valuable insights into structure-acidity-reactivity relationships and offers guidelines for the rational design of heterogeneous acid catalysts for biomass valorization.
Jury
- Prof. Jérémy DEHON (UNamur), président
- Prof. Carmela APRILE (UNamur), secrétaire
- Prof. Sophie HERMANS (UCLouvain)
- Prof. Damien DEBECKER (UCLouvain)
- Prof. Vera MEYNEN (UAntwerpen)
- Prof. Tatjana PARAC-VOGT (KULeuven)
2nd symposium on Protein Disorder, Interactions, and Dynamics (PDID)
After a successful 1st edition that notably gathered figures renowned for discovering and conceptualising intrinsically disordered proteins – Drs. Vladimir N. Uversky, Peter Tompa, and Sonia Longhi – we are pleased to announce that the 2nd edition of the One-Day Symposium on Protein Disorder, Interactions, and Dynamics (PDID 2026) will be held on Friday the 18th of December 2026 at the University of Namur (UNamur), Namur, Belgium.
The PDID symposium is finally back in 2026!
Organised every two years by the Belgian Biophysical Society (BBS) and the Laboratoire de Chimie Physique des Biomolécules (CPB), the PDID symposium is a human-sized and convivial event for exchanging new ideas and meeting leading experts in the field in the typical Belgian city of Namur, the capital of Wallonia located at the confluence of the rivers Meuse and Sambre.
We are welcoming people from any scientific background who are especially interested in diving into the world of biomolecules dynamics as well as exploring their unique behaviours, comprising structural transition, interaction network, protein-ligand interaction, self-assembly, amyloid fibrillation, condensation, phase separation and transition. Through the lens of biophysics, biochemistry, bioinformatics, and molecular biology, the program aims at covering both experimental and computational approaches for the characterisation of such intricate and elusive systems in health-related, biotechnological, and biomaterial contexts.