Ce cours présentera aux étudiants les méthodes moléculaires utilisables dans les domaines de la conservation, du suivi des populations et de l'écologie moléculaire.
Le cours sera dispensé en anglais.
Ce cours vise à initier les étudiants aux méthodes et aux fondements théoriques de la génétique moléculaire des populations et de la génétique de la conservation. Des cours spécifiques porteront sur des méthodes allant du séquençage du génome entier à l'ADN environnemental (ADNe). Nous aborderons également l'application de ces méthodes en écologie et en conservation.
Thèmes :
• Calculs avancés en génétique des populations
• Visualisation de la variation entre les populations
• Introgression et hybridation
• Sauvetage génétique et génétique de la conservation
• Conséquences de la consanguinité et du déclin des populations à l'échelle du génome entier
• Établissement de liens avec les décideurs et le public
1. Échelles de la biodiversité (des gènes aux communautés) et perte de biodiversité
2. Quatre forces évolutives (mutation, dérive, sélection, migration) façonnant la diversité génétique des populations
3. Types de données génétiques et mesures de la diversité génétique
4. Identification des déclins démographiques et de l'érosion génomique
5. Structure des populations, mélange génétique et introgression
6. Charge génétique, dépression de consanguinité et sauvetage génétique
7. Sélection et maladaptation
8. Données de séries temporelles : suivi génétique, ADN historique et ancien
9. Applications et limites de l'ADN environnemental
10. Intégration de la génétique dans les pratiques et la gestion de la conservation
Les activités pratiques comprendront des exercices visant à calculer des statistiques de génétique des populations et à visualiser la variation génétique en lien avec la répartition géographique d'organismes sauvages. Ces exercices s'appuieront sur le logiciel R ainsi que sur des outils en ligne. À l'issue du cours, les résultats seront présentés sous la forme d'un poster scientifique.
Le cours comprendra des conférences, des exercices pratiques, des discussions sur des articles et des travaux pratiques.
L'examen comprendra une présentation orale des travaux pratiques et une épreuve orale portant sur la matière du cours. L'étudiant doit réussir toutes les composantes de l'examen pour valider le cours.
Manuel : Conservation and the Genomics of Populations. Oxford Press. Auteurs : Allendorf, Funk, Aitken, Byrne and Luikart.
Le cours s'appuiera également largement sur la littérature scientifique contemporaine.
| Formation | Bloc | Crédits | Obligatoire |
|---|---|---|---|
| Bachelier en sciences biologiques | 3 | 4 | Non |