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Des traces de Sars-CoV-2 dans nos eaux usées : la spin-off e-biom mobilisée


Pouvez-vous nous préciser cette mission (objectif, timing, sites étudiés, techniques utilisées…) ?

À la suite de la détection du coronavirus dans les fèces de patients, plusieurs études scientifiques ont été initiées à travers le monde afin de déterminer la dangerosité des eaux usées. Les eaux usées correspondent à l’ensemble des eaux issues des habitations, des industries et des équipements publics, comme les écoles et les hôpitaux. Ces eaux sont acheminées par les égouts jusqu’aux stations d’épuration (STEP) où elles sont traitées avant d’être rejetées dans l’environnement. Il est essentiel de rappeler que le réseau d’eaux usées est complètement distinct du réseau de distribution d’eau potable.

STEPA la demande de la Société Publique de Gestion de l’Eau (SPGE) qui coordonne et finance notamment l’assainissement des eaux usées en Wallonie, l’objectif de notre mission a donc été de déterminer si le Sars-CoV-2 est présent dans les eaux usées en amont des STEP, durant les processus d’assainissement et dans les eaux épurées qui sont rejetées. En parallèle, nous avons quantifié le virus et tenté de déterminer son infectiosité.

L’expertise principale de e-biom est de rechercher des traces génomiques (ADN & ARN) dans des échantillons issus de l’environnement, comme de l’eau ou de la terre. Nous avons donc proposé à la SPGE une méthode de détection génomique : une étape d’ultrafiltration afin de concentrer le virus et une analyse génétique par RT-qPCR. Pour être rapidement opérationnels, nous avons initié une collaboration avec la plateforme SANA afin de pouvoir adapter le protocole d’analyse appliqué dans le cadre du diagnostic.

Les sites d’études ont été choisis avec soin, afin de couvrir une grande partie du territoire et de cibler les STEP proches des principaux hôpitaux et ce, afin d’étudier le « worst case scenario ».

Que révèle cette analyse ? Trouve-t-on des traces de Sars-CoV-2 dans nos eaux usées ? Est-ce dangereux pour la faune, la flore, l’être humain ?

Sans surprise, des traces d’acide ribonucléique (ARN) appartenant au Sars-CoV-2 ont été détectées en faibles concentrations dans les eaux usées : en sortie de certains hôpitaux, à l’entrée de plusieurs STEP et à différentes étapes du processus de traitement. En revanche, le virus n’a pas été détecté dans les échantillons de boues chaulées qui sont valorisées en agriculture. Ces résultats sont en concordance avec les études menées notamment en France, au Luxembourg et aux Pays-Bas.

La communauté scientifique internationale s’accorde à dire que le risque lié aux eaux usées est très faible et ce pour différentes raisons. Premièrement, les coronavirus sont des virus à enveloppe lipidique et sont donc fragiles. Lorsque cette enveloppe est altérée, son génome n’est plus protégé. Le virus n’est alors plus infectieux, même s’il est encore possible de détecter son ARN. Les eaux usées contiennent de nombreuses substances agressives qui peuvent détruire cette enveloppe lipidique : détergents, savons, désinfectants…

Deuxièmement, lorsqu’il est détecté dans les eaux usées, l’ARN du coronavirus est présent en très faible concentration. D’une part, le virus n’est pas capable de se multiplier sans cellules hôtes, par exemple des cellules pulmonaires humaines. D’autre part, le virus se retrouve dilué dans les eaux usées même s’il devait être retrouvé en fortes concentrations dans les fèces.

Finalement, aucune étude scientifique n’a mis en évidence à ce jour la présence de particules virales infectieuses dans les eaux usées. De plus, aucun cas de transmission de la maladie par les eaux usées n’a été rapporté. Dans le cadre de notre mission pour le SPGE, des analyses préliminaires par culture cellulaire ont été réalisées à partir de différents échantillons d’eaux usées testés positifs en RT-qPCR. Aucune de ces analyses n’a mis en évidence un caractère infectieux des échantillons.

En quoi ces analyses des eaux usées peuvent être utiles dans la lutte contre le coronavirus ?

Les traces de coronavirus détectées dans les eaux usées proviennent de différentes sources : le lavage des mains, les fèces, le lavage des vêtements… La quantité de virus présente est donc liée au nombre de malades, mais également au nombre de porteurs sains présents dans la population. Suivre la concentration du virus dans les eaux usées de façon régulière permettrait donc de réaliser une veille sanitaire complémentaire des études épidémiologiques traditionnelles en suivant à la fois les cas confirmés et les cas asymptomatiques.

De plus, différentes études scientifiques ont mis en évidence que des traces du virus pouvaient être détectées dans les eaux usées entre 3 et 10 jours avant les premiers symptômes et les premières hospitalisations.

Une veille épidémiologique basée sur les eaux usées permettrait, par exemple, d’observer une augmentation des concentrations du virus en lien avec un nouveau pic de l’épidémie ou d’observer l’introduction du virus dans une nouvelle zone géographique.

Quelles suites vont être données à cette étude ? La SPGE et e-biom vont-t-ils poursuivre leur collaboration ?

Depuis le début de l’épidémie, notre volonté a été de contribuer activement à cette crise : nous nous sommes mobilisés pour offrir notre soutien dans le cadre du diagnostic humain, nous avons réalisé les analyses sur les eaux usées… Nous continuons sur cette voie avec notamment une mission visant à analyser les eaux de baignades et nous venons d’apprendre que la SPGE nous confiait une nouvelle mission portant sur le suivi épidémiologique jusque fin 2020. Des discussions sont également en cours avec nos partenaires scientifiques de l’Université de Namur, dont notamment Benoît Muylkens et Catherine Linard, mais aussi avec le Luxembourg Institute of Science and Technology (LIST), afin de participer à des consortiums de recherche.

Plus globalement, la présence du coronavirus a-t-elle un impact direct ou indirect sur la préservation de la biodiversité ?

Je crois que la crise actuelle est une réelle opportunité. La crise Covid-19 est intimement liée à la crise de la biodiversité, à la crise climatique, à la précarité… Déforestation, agriculture intensive, braconnage… Notre gestion de l’environnement nous met en contact avec des espèces inconnues, dont certaines sont des virus qui peuvent entrainer des crises sanitaires.

RivièreDe façon générale, la population prend conscience que nos modes de vie ont un impact direct sur l’environnement, la biodiversité, le climat… La crise a permis de mettre en avant les circuits courts, les producteurs locaux, de repenser nos modes de travail (à domicile, horaires décalés…), de limiter nos déplacements au strict minimum et de nous reconnecter à la nature et à l’essentiel.

Je suis donc optimiste, j’espère que cette prise de conscience perdurera et nous permettra d’appréhender au mieux cette crise globale.

Jonathan Marescaux, 03/06/2020


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